第一任所长（1947-1949）
海洋生物学家

第二任所长（1951-1976）
海洋生态和水产学家

第三任所长（1981-1988）
海洋生态与养殖学家

第四任所长（1988-1994）
海洋生态学家

第五任所长（1994-2008）
中国工程院院士、海洋渔业资源与生态学家

第六任所长（2008-2013）
海水养殖生物遗传育种学家

第七任所长（2013-2023）
海洋渔业资源与生态学家