我国水产种业已有了很大发展，但较种植业和畜牧业，无论是良种覆盖率，还是种业企业方面，水产种业都很落后。水产种业未来发展的道路还很长，发展空间还很大。
苗种选育领域的创新与突破
目前，国内科研育种体制不完善，大部分政府育种项目研究都集中在高校和科研院所，企业能得到的资源很少。科研院所的育种项目之间基本上没有合作，各自为战。他们之间信息交流不畅，育种资源不能共享，因而带来的是社会公共资源支持的科研育种项目重复建设和严重浪费，科研效率低下。
国外成功企业的经验告诉我们，高效率的科研体系应该是目标明确，分工合理的商业化（或工厂化）科研育种体系。
第一，科研与育种项目必须以市场为导向，而不是发表文章或评职称。科研项目的确立是以市场价值和完成时效两个维度为依据确定。它不应该受个人意志和偏好左右，同时应该量力而行。与此同时，还要建立不同科研项目优先次序的基本原则，以及与之相适应的内部资源协调与分配机制。
第二，科研成果的评价依据，除了目前普遍重视的丰产性的标准之外，它还应该具备以下完全市场化的标准：广适性，抗逆性，品质优良。一个产品不可能十全十美，也不可能具备以上所有特征，但是单纯追求产量不仅仅不能够满足市场的需求，也会加大经营风险。
第三，科研系统内部必须做到信息与资源的共享，包括种质资源和育种材料评价标准的统一，数据的标准化和规范化，资源共享机制，建立标准化和持续不断的工厂化流程等。
第四，全面运用分子技术手段，提升传统育种的效率，它包括分子标记辅助育种技术等。
第五，科研分工清晰明确，各司其责。建立科学的分工和合作机制，责权利清晰，设立合理激励机制。
第六，科研体系必须是与产业化紧密结合。产品的市场定位，亲本繁殖能力、稳定性和生产成本，品种审定与亲本扩繁和商业化生产的无缝隙衔接。
行业规模化及产业化路径
随着我国水产养殖业的发展，水产苗种市场需求不断增多，水产种业也得到了快速的发展。但由于我国水产养殖场改制的推进，水产种业多为作坊式生产，导致水产种苗繁育暴露出很多问题：
一、种质及资源退化，亲本更新速度缓慢，受经济利益和成本的影响，作坊式苗种从业者用于鱼苗繁殖的亲本都是在本地收购和培育的，有很多所谓的亲鱼更换就是就地取材，在附近的水域或养殖场发现有个体较好的鱼就收购一批来作为亲本，近亲和种质退化现象严重。
二、苗种繁殖规模小，作坊式的苗种从业者大部分是起点低、规模小、从业人员素质低。有时因气候和市场原因，紧俏时苗种销售缺斤短两，增加了养殖户生产成本，不利于整个行业的发展。
三、苗种生产基础设施陈旧老化产，苗种生产场要求具备一定的孵化设备设施、水源充足、水质洁净、鱼池配套等条件，作坊式的苗种从业者只重视眼前利益，没有长远发展的计划，加之基础设施的建设投入较大，根本没有对苗种基地设施、设备改造的意识。因而形成了只使用、不建设和不提升的局面，导致大多数苗种场设备设施陈旧老化，落后于当今渔业发展步伐。
四、产卵、孵化期间滥用违禁药品，留下食品安全隐患，作坊式从业者不重视苗种质量，在繁殖过程中使用孔雀石绿等违禁药品浸泡鱼卵在叉尾鮰、黄颡鱼繁殖环节中大量存在，留下商品鱼食品安全隐患。
五、苗种管理和质量监督不到位，苗种质量无保障。由于苗种从业者大部分为作坊式生产，数量多，水产苗种管理执法难度大，难以监管，未经许可或未申领生产许可证而从事苗种生产的单位和个人分散、地理跨度大，业务部门缺乏强硬的执法手段和措施，执法力度不能适应产业发展的需要。迄今为止，水产种苗生产和流通还基本处于自由状态，苗种管理乏力，苗种质量难以保证。因此，从市场监管、质量保障和食品安全等多方面要求，水产种业的发展必须朝着规模化、工厂化发展。
苗种企业品牌化趋势
任何一个行业的发展都会经历一个从小规模到大规模，企业从小到大，最终由少数大型企业主导的过程，水产种业也不例外。2011年，国务院发布了《关于加快推进现代农作物种业发展的意见》，确定了种业是国家战略性、基础性核心产业的重要地位，指明了现代种业发展方向，提出了构建以企业为主体，产学研——育繁推——科工贸一体化的种业发展新思路，无疑这也是水产种业一次非常难得的转型提升良机，需要产学研共同把握、加速推动发展。
因此，水产种业企业需抓住此次机遇，加强自主研发力度，重视质量和品牌，扩大生产规模，形成“育繁推一体化”的大型企业。水产种业企业自主培育水产新品种，依靠自身的组织生产销售，独立承担风险，独立享有利润，最终发展为一个品种只有3家~5家企业控制种质资源，垄断供应苗种。
未来种苗行业发展趋势
水产饲料企业做水产种业具有天然的优势，因为饲料企业拥有很多的用户及相关专业人才，并且积累了一定的资本。因此，未来水产种业中饲料企业将占据半壁江山，未来，饲料企业应该充分利用好自身资源，助推水产种业又好又快发展。在发展方向上，从企业成本和利润空间来考虑，可控育种是未来育种发展的方向，以企业资金投入为主体的育种必须是可控的，不可复制的，这样才能在保障企业利益的情况下，推动种苗行业健康可持续发展。
同时，水产种业的发展离不开政府的支持，政府应出台发展水产种业的相关政策，包括种业规划、提高组织化程度、品牌保护等制度，同时加大执法力度，严厉打击水产种业违法行为。只需政府做好“裁判员”，无需政府投资，水产种业就会朝着好的方向发展。
