建设立足海洋经济创新发展区域规划和国家需求、学科建设和渔业发展需要，瞄准海洋经济创新发展之海洋生物资源综合利用和质量安全的重大科技问题及学科前沿应用基础研究和行业发展关键技术，着力提升科技协同创新能力和服务能力，积蓄前瞻性技术储备，加快科技成果的产业化，成为集应用基础研究、技术开发、推广示范于一体的重要基地。

该工程研究中心的建设以黄海水产研究所为主要技术依托，运用国内、外先进的工程技术和生化技术、现代加工工艺和系统设计理念，建设成为山东生物海洋资源加工领域的研发公共服务平台，成为海洋生物制品产业科技创新、成果转化和加工示范的重要基地和人才培养、国际交流的载体。

工程研究中心根据我国海洋产业需求及主要学科带头人的研究方向，分为5个研究方向，分别为：海洋食品精深加工、大宗水产品及副产物综合利用、海洋生物资源加工质量安全控制与风险评估、海洋产物资源与生物转化工程、海洋生物清洁生产过程调控技术研发。

1.海洋食品精深加工技术

主要开展的研究工作根据产品种类分为两大方向，海参精深加工技术开发及质量控制体系建立与经济鱼类、贝类高值化加工利用。

2.大宗水产品及副产物综合利用

主要开展的研究工作包括大宗海洋低值鱼类高值化加工技术、大型海藻资源综合利用加工技术和南极磷虾精深加工技术的研发工作。

3.海洋生物资源加工质量安全控制与风险评估

主要开展的研究工作主要面向我国主要水产加工产品，形成完整的质量评价及安全体系，建立引领行业科学规范化发展的行业标准体系和食品安全与质量控制平台。

4.海洋产物资源与生物转化工程

筛选海洋产物资源的新功能，发现和创造新型生物催化剂、创新药物和生物制品，完善海洋微生物与酶工程的理论和方法，形成海洋产物资源前期基础和应用研究的合理体系。

5.海洋生物清洁生产过程调控技术研发

以海洋生物清洁生产过程调控及技术研发为主要研究方向，以海洋生物生产过程营养元素的系统流动和生态影响机制为基础，开展清洁生产过程养殖环境优化新技术、新工艺、新产品的研究与开发；进一步查明养殖系统中主要外源危害因素（微生物、药物、重金属等）对养殖动物、微生物群落、理化因子的长期影响及环境对危害因子的消除作用，建立海洋生物清洁生产过程及产品质量安全调控技术。